少年心太被飞天御剑流的继承者・比古清十郎所救，随后从比古那里获赠「剑心」之名，以及专为「守护世人而挥」的飞天御剑流剑术。 时光流转，为拯救深陷时代苦难的弱者，剑心毅然离开比古，加入了由高杉晋作率领、不问身份只聚有志之士的「奇兵队」。他邂逅了长州派维新志士的核心领袖・桂小五郎，凭借高超剑术得到赏识，进而受托承担暗杀幕府要人的秘密任务，成为活跃于幕末乱世京都的暗影「刽子手」。在这座动荡不安的城市中，剑心的心灵逐渐被侵蚀，却仍不得不挥舞着沾满鲜血的利刃……
