20世纪60年代根据横山光辉的忍者传奇漫画改编的特摄电视剧获得了大量人气，本作正是以此改编的动画重制版。战国时代，“影之一族”的忍者赤影、青影、白影三人组通过使用各种各样的忍术来与操纵妖术和怪物并想要占领天下的甲贺幻妖斋手下的迷之集团金目教进行战斗。
