2090年代，在与杰特拉帝人（ゼントラーディ）的战争结束80年之后，地球即将遭到新的外星人马尔杜克（マルドゥーク）侵袭；地球统合军依照以往的成功模式，采用“明美攻击”试图击退对方，却惊讶的发现马尔杜克军也是利用歌声驱使战斗部队，且威力更胜过“明美攻击”，地球遭遇到前所未有的危机。 电视记者神崎响在战斗中冒险深入战线报导，亲眼目睹地球统和军节节败退，因缘际会闯入了敌舰并解救了一位昏迷的女性伊丝蒂。战争依旧持续着，而伊丝蒂在神崎响的带领下，渐渐的了解了地球的文化，响也由她的口中得知SDF-1马克罗斯（マクロス）其实原是亚尔斯（アルス）用来传播爱的船。 神崎响被军方以知情不报和擅用军方线路为由监禁。而面对马尔杜克军即将发动的总攻击，部分有远见的高层私下释放了他，并希望他与女飞官苏菲能重新启动马克罗斯；终于马克罗斯升空并发射了主炮，但是并没有击沉敌旗舰。正当绝望之时，伊丝蒂赶到并站在当年林明美所站的平台上演唱“もういちど LOVE YOU”（再一次·爱你），借由所有通信线路的传播，终于感化了马尔杜克军。 三日后，马尔杜克军与地球签订了和平条约，新的领导带领着重新拾获文化的同胞们即将启程前往未知的宇宙彼端，临行前伊丝蒂向神崎响及苏菲道别，而这段割舍不下的三角恋情也深植在她的心中永藏心底......
